Onkologická ambulance se stala součástí nemocnice 1. ledna 2006. Prozatím sídlí v odloučeném pracovišti, ale v zájmu nemocnice je umístit oddělení klinické onkologie přímo v areálu. Na oddělení je podávána chemoterapie, imunoterapie,podpůrná léčba . Probíhá zde dispenzarisace vyléčených onkologických nemocných. Součástí onkologie je též pracoviště léčby otoků (lymfodrenáže). Jednou z hlavnívch činností je ta konsiliární, která je určena hlavně pacientům nemocnice Jablonec. Na konsilia sem docházejí ale pacienti i odjinud (například nemocnice Tanvald,z terénnní pracovišť apod.). Další součástí onkologie je národní onkologický registr, kde se zpracovávají hlášenky pacientů s nádorovými onemocněními.