Oddělení gastroenterologie se zabývá především vyšetřováním, léčbou a prevencí chorob trávicího ústrojí (jícen, žaludek, tenké střevo, tlusté střevo, konečník, játra, žlučník, žlučové cesty, slinivka). Spektrum prováděných endoskopických, ultrazvukových a funkčních vyšetření je komplexní. Významná je činnost specializovaných poraden. Vzniklo sloučením gastroenterologických pracovišť interního, chirurgického a dětského oddělení. V současné podobě je provozovano od května 2003. Naše gastroenterologické oddělení má ambulantní provoz, bez samostatné lůžkové části, ale naši pacienti jsou v případě potřeby hospitalizovaní na interním, chirurgickém či dětském oddělení.