Chirurgické oddělení bylo v současných zrekonstruovaných prostorách otevřeno v dubnu roku 1994. V době svého vzniku patřilo k nejmodernějším v České republice a tento trend se snaží udržet doposud. Poskytuje komplexní chirurgickou péči v rozsahu celé všeobecné chirurgie, traumatologie, cévní chirurgie a endokrinochirurgie. Provádějí se zde i výkony specializované v rámci několika center v České republice. Dominantní postavení má miniinvazivní laparoskopická chirurgie.